于丰水期(2018年7月)和枯水期(2019年4月)分别在湟水河西宁段典型断面采集水体和沉积物样品共58个, 枯水期同时采集污水处理厂出水样6个。利用实时荧光定量PCR方法, 对 12 种氮转化功能基因进行定量分析。结果表明, 湟水河平均总氮浓度为3.06±1.23 (1.308~6.51) mg/L。水体和沉积物中相对丰度较高的氮转化功能基因是narG, nirS和nosZ。氮转化功能基因的丰度和组成在沉积物中存在明显的季节差异, 在水体中无明显季节差异。关键氮素转化过程是反硝化, 对水体和沉积物氮素的去除贡献率分别为88%和 98%。水体氮素转化主要受pH值、总氮及NO3--N调控, 其中, 氨氧化与NO3--N浓度负相关, 反硝化与pH负相关。沉积物氮素转化与水体氮素浓度、沉积物pH值、总氮、总磷和有机碳等相关, 其中, 氨氧化与水体氮素浓度负相关, 而反硝化主要受沉积物性质影响。进一步的分析结果表明, 污水处理厂排放会显著降低水体中AOA-amoA, CMX-amoA, nirS, nxrB, napA, narG和hzsA等基因的丰度, 增加nrfA基因的丰度, 使反硝化、厌氧氨氧化、硝化和完全硝化等过程受到抑制, 硝酸盐异化还原成铵(DNRA)对水体氮素去除的贡献提高。受影响河段沉积物中, AOA-amoA, nxrB和CMX-amoA等基因丰度显著降低, 硝化和完全硝化过程受到抑制。研究结果可为湟水河西宁段氮素污染控制提供科学依据。