自1995年以来, 《北京大学学报(自然科学版)》获得国家级、教育部、北京市及其他奖励若干项:
·1995年7月获北京市高校系统自然科学学报“三优”评比一等奖；11月获国家教委“全国高校自然科学学报系统优秀学报二等奖”
·1996年11月获国家教委“国家教委系统优秀科技期刊一等奖”
·1997年3月获中宣部、新闻出版署、国家科委联合颁发的“第二届全国优秀科技期刊一等奖”
·1999年5月获教育部“全国高校优秀科技期刊一等奖”
·1999年10月获首届“国家期刊奖”
·2001年11月经新闻出版总署和科技部等有关部委选定, 进入国家“期刊方阵”中最高一层的“双高”(高水平、高知名度)期刊阵列, 成为教育部主管的综合性大学自然科学学报唯一入选者
·2002年12月获第二届“国家期刊奖”提名奖
·2004年9月获教育部“全国高校优秀科技期刊一等奖”
·2005年1月获第三届“国家期刊奖”提名奖
·2009年获中国期刊协会“新中国60年有影响力的期刊”奖
·2010年12月获第二届中国出版政府奖期刊奖提名奖
·2010年以来历年获得教育部科技发展中心“中国科技论文在线优秀期刊”一等奖
·2006年以来获教育部历届“中国高校精品期刊奖”和“中国高校杰出科技期刊奖”
·入选中国科学技术信息研究所历届“中国精品科技期刊”
·2005年以来连续16年入选中国科学技术信息研究所“百种中国杰出学术期刊”
·入选中国科技期刊卓越行动计划二期“中文领军期刊”项目
《北京大学学报(自然科学版)》被以下文摘数据库收录:
国外文摘数据库
1. Scopus (荷兰Elsevier公司科学期刊数据库)
2. Ei Compendex(工程索引)
3. AJ, Abstracts Journal, VINITI (РЖ) (俄罗斯《文摘杂志》)
4. CAS, Chemical Abstracts Service (美国化学文摘社)
5. GR, GeoRef (美国《地质参考》)
6. JST, Japan Science & Technology Agency JST’s Bibliographic Databases (日本科学技术振兴机构文献数据库)
7. MR, Mathematical Reviews (美国《数学评论》)
8. MSB-S, Mass Spectrometry Bulletin(Supplemental) (英国皇家化学学会(RSC)《质谱学通报(增补)》)
9. SA, International Information Service for the Physics and Engineering Communities (INSPEC) (英国物理学、电技术、计算机及控制信息社数据库(原《科学文摘》))
10. ZM, Zentrallblatt Math (ZMATH) (德国《数学文摘》)
11. ZR, Zoological Record (英国《动物学记录》)
12. ProQuest数据库
国内文献数据库
中国科学引文数据库(CSCD) 万方数据 中国知网 超星数字图书馆 维普中文期刊服务平台 中国科技论文在线 《中国学术期刊文摘》数据库(CSAD) 中国力学文献数据库 中国数学文献数据库 中国物理学文献数据库 中国光学文献数据库 中国天文学文献数据库 中国地理学文献数据库 中国生物学文献数据库 中国化学文献数据库 中国稀土文献数据库 中国无线电电子学文献数据库 中国高校学报文献数据库
国内文摘期刊
中国科学文摘 中国科学引文索引 中国学术期刊文摘 中国数学文摘 中国力学文摘 中国物理文摘 中国光学文摘 中国天文学文摘 中国地理科学文摘 中国生物学文摘 古生物学文摘 中国石化文摘 中国电子科技文摘(电子科技文摘)
