基因选择的快速Fisher优化模型

北京大学学报（自然科学版）

基因选择的快速Fisher优化模型

封举富,时建新

北京大学信息科学技术学院信息科学中心视觉与听觉信息处理国家重点实验室，北京，100871，E-mail: fjf@cis.pku.edu.cn

收稿日期:2003-11-28 出版日期:2005-01-20 发布日期:2005-01-20

Gene Selection Based on Fast Fisher Optimization Model

FENG Jufu, SHI Jianxin

Center for Information, National Laboratory on Machine Perception, School of Electronics Engineering and Computer Science, Peking University, Beijing, 100871

Received:2003-11-28 Online:2005-01-20 Published:2005-01-20

摘要/Abstract

摘要： 基因选择是基因芯片数据分析中的一个重要问题。基因选择的主要困难在于基因数远远大于实验样本数。在Fisher优化模型的基础上，提出了快速Fisher优化模型，从而使得算法的计算规模主要依赖于样本数而不是特征数，大大提高了计算速度。在公共数据中的实验表明该方法速度快，选择的基因对分类结果是有效的。

关键词: 基因芯片, 基因选择, 特征选择, Fisher优化模型

Abstract: Gene selection is a very important problem in microarray data analysis and has critical implications for the discovery of genes related to serious diseases. A fast algorithm based on Fisher Optimization Model (FOM) for gene selection was proposed. The computational complexity of the algorithm relies on the number of the samples not the huge number of genes. Experiments in public data demonstrated the proposed algorithm is effective and efficient.

Key words: microarray, gene selection, feature selection, fisher optimization model (FOM)

中图分类号:

TP391.41

封举富,时建新. 基因选择的快速Fisher优化模型[J]. 北京大学学报（自然科学版）.

FENG Jufu,SHI Jianxin. Gene Selection Based on Fast Fisher Optimization Model[J]. Acta Scientiarum Naturalium Universitatis Pekinensis.

导出引用管理器 EndNote|Ris|BibTeX

链接本文: https://xbna.pku.edu.cn/CN/

https://xbna.pku.edu.cn/CN/Y2005/V41/I1/122

[1]	朱珠,汪蓉,李寿山,周国栋. 中文文本中评价对象省略识别方法[J]. 北京大学学报（自然科学版）, 2015, 51(2): 315-320.
[2]	孙军, 林矫矫, 程国锋, 李浩, 石耀军, 陆珂, 蔡幼民, 江洪波. 利用基因表达谱芯片研究东方田鼠和小鼠感染日本血吸虫前后基因的差异性表达[J]. 北京大学学报（自然科学版）, 2004, 40(4): 532-537.
[3]	刘敬伟,程乾生. 基于动态时间规划的基因芯片数据识别[J]. 北京大学学报（自然科学版）, 2002, 38(5): 611-615.