为纪念新中国成立60周年，中国期刊协会、中国出版科学研究所联合举办了“新中国60年有影响力的期刊”评选活动，表彰在国家科学技术、文化、经济、生活和社会发展领域中起到重要作用的期刊。《北京大学学报（自然科学版）》荣获“新中国60年有影响力的期刊”称号。 此次评选，全国共有9000多种参评期刊，经过全国各省市行业期刊协会推选和专家评审委员会的严格评审，最终有161种期刊入选。颁奖大会于2009年12月22日在北京举行，国家新闻出版总署、中宣部等有关领导出席颁奖仪式。
