根据中国高校科技期刊研究会2016年11月23日“2016年度中国高校杰出•百佳•优秀科技期刊遴选结果发布会”公布, 《北京大学学报（自然科学版）》入选 “2016年度中国高校杰出科技期刊”。 中国高校科技期刊研究会2016年度共选出中国高校杰出科技期刊20种（中文期刊和英文期刊各10种）、中国高校百佳科技期刊104种、中国高校优秀科技期刊254种、中国高校编辑出版质量优秀科技期刊69种。
